Ülikooli arhitekt ja arhitektuuriprofessor J.W.Krause kirjutas oma mälestustes 1827.a.:
"1805. aastal sai anatoomikum valmis ja sisse seatud. Härra kuraator, kindral Klinge leidis selle olevat valgusküllase, sõbraliku ja niivõrd üleslöödu, et tema arvates ka kõige peenem seltskond väikeses ovaalsaalis teed jooma võiks hakata".
Hoopis teisel arvamusel oli aga taasavatud ülikooli esimene anatoomiaprofessor Heinrich Friedrich Isenflamm:
"Isscht nisscht! Pime, ebamugav, kauge, väsitav ja kaelamurdev on sinna jõuda, armetu lollus!" Talle tundus kõik valesti tehtud olevat. Arhitekt, prof. Krause sai sellest teada oma ehitusmeestelt, ja Isenflamm sai sama teed pidi teada, et see isik (Krause) tema korralikult läbi klopib, kui selliseid armastusväärsed hinnangud peaksid korduma. Järgnes mitmeid kiuslikke nõudmisi Isenflammi poolt mida Krause täita püüdis. 1810.a. läks Isenflamm puhkusele kodumaale ning läkitas sealt lahkumisavalduse ülikooli teenistusest.
1803-1805.a. ehitatud Anatoomikumi rotundi osa oli taasavatud ülikooli esimene valminud ehitis. Seal leidsid koha vastav auditoorium, seadised laipade säilitamiseks ja luude puhastamiseks ning ruum anatoomiliste preparaatide jaoks. Suured teened anatoomikumi ehitamisel olid arstiteaduskonna professoril, ülikooli teisel rektoril 1803-1804.a., Daniel George Balk'il.
1825-1827.a. ehitati Krause projekti kohaselt mõlemale poole rotundi klassitsistlikus stiilis tiibhooned.
1855.a. esitas farmakoloogiaprofessor (1847-1866) Rudolf Buchheim ülikooli valitsusele taotluse ehitada Theatrum anatomicumile veel tiivad, et luua farmakoloogia kateedrile soodsamad töötingimused. Juurdeehitused arhitekt K.Rathhausi projekti järgi valmisid 1856-60. R.Buchheimile omistati ehitustegevuse hea juhtimise eest eripreemia.
V.Vaga hinnagul on püütud juurdeehitisi kooskõlastada Krause stiiliga, kuid etteulatuvad tiibhooned suruvad rotundi tahaplaanile, moodustavad uue arhitektuurilise kompositsiooni ja on eklektilisema dekooriga.
1932.a. avati anatoomikumi välisseinal farmakoloogia kateedri kohal R.Buchheimi pronksist mälestustahvel, annetus Rahvusvaheliselt Farmakoloogide Seltsilt, kui esimesele eksperimentaalfarmakoloogiat õpetanule ning esimese sedalaadi instituudi 1860.a. rajajale.
Anatoomiat on õpetatud vanas anatoomikumis kahe sajandi vältel, kuni uude hoonesse Biomeedikumi üleviimiseni 2000.a.
Kõige tuntumaks Tartu anatoomiks peetakse siiani prof. August Rauberit, anatoomia kateedri juhatajat aastail 1886-1911.
Prof. Rauber pidas oluliseks õppetöö läbiviimisel anatoomia õppemuuseumi olemasolu, ning alustas selle rajamist juba Tartusse saabudes.
Muuseum avati 1890.a. ning ta haaras enda alla kogu vana anatoomikumi alumise vasaku tiiva. Tartu anatoomiamuuseumi peeti mudelite originaalsuse, preparaatide kvaliteedi ja üldise korralduse tõttu muuseumi musternäidiseks ning ta oli eeskujuks uute analoogiliste muuseumide rajamisel. Kahjuks on suur osa muuseumist ja A.Rauberi vaevarikkast tööst sõdade keerises hävinud.
Histoloogia ja kaasaegne embrüoloogia tekkisid 1840ndail a. ning on paljus seotud K.E.v.Baeri uurimistöö tulemustega. Ka histoloogiat ja embrüoloogiat on õpetatud 2000.aastani vanas anatoomikumis.
Antropoloogia oli XIX saj. II poolel aktuaalne teema. Prof. Rauber huvitus antropoloogiast ning avaldas ka sellealaseid uurimusi. Ta väljendas eitavat suhtumist tol ajal tekkiva rassismiteooria suhtes. 1901.a. taotles ta iseseisva antropoloogiakateedri asutamist, kuid see ei teostunud.
Rauberi õpilane, prosektori abi 1906-1909 ning eradotsent 1909-1915, Abner-Eber Landau oli ülikooli koosseisude järgi ka Antropoloogia muuseumi direktor. Hiljem töötas professorina Bernis, Kaunases ja Lausanne'is.
Tartus olles uuris ja avaldas töö eestlaste aju reljeefi iseärasustest. Selleks uuris ta 60 isiku, kes olid surnud mitmesugustel eri põhjustel, aju reljeefe.
Kirurgiakateeder alustas tegevust 1804.a., 1808.a. saadi ruumid vastvalminud Toome meditsiini kliinikus. See oli endisest sõjaväekasarmust a. 1806-08 rekonstrueeriud kahekorruseline kõrge kelpkatusega hoone, 1820-21 ehitati osaliselt välja kolmas korrus (mõlemil korral arhitektiks J.G.Kranhals). Tänapäevase ilme sai hoone 1845-47.a. (arhitektid K.Winkler ja Sudan Peterburist) ning on 1993.a. EV Riigikohtu valduses.
Kirurgiaprof. 1871-1878 Ernst v. Bergmanni (25), (Berliini ülikooli kirurgiakliiniku direktor 1882-1907), teeneks Tartus on kirurgiakliiniku ehitamine/laiendamine aastail 1873-75 (arhitekt Rötscher). Ehitusraha tsaarivalitsuselt aitas saada Philipp Jakob Karelli (1806-1886), eesti soost tsaariperekonna ihuarsti eestkoste. Selles hoones asus (hilisema nimetusega) teaduskonnakirurgia kateeder kuni 1971.a. (Maarjamõisa uue hoone valmimiseni). E.v.Bergmanni mälestuseks püstitati 1913.a. endise kirurgiakliiniku hoone taha Toomemäe nõlvale tema büst (skulptor A.Hildebrandt).
XIX saj. nimekate kirurgide seas on ka Nikolai Pirogov, kes elas ja töötas Tartus a. 1828-1841 ning sai maailmas tuntuks oma siin kirjutatud töödega. Aastail 1837-1838 andis välja raamatu "Arteritüvede ja fastsiate kirurgiline anatoomia" koos atlasega, mis koosnes 50 originaaljoonisest. Töö eest pälvis ta Venemaa TA Demidovi preemia ning tunnustuse välismaal. Joonistused atlase tarvis tegi Georg Friedrich Schlater (1804-1870), baltisaksa maalikunstnik ja graafik, kes elas ja töötas 1835.a. alates Tartus, 1837.a. asutas siin esimese litograafiatöökoja.
Kliinilise sünnitusabi Tartus rajas Christian Friedrich v. Deutsch, 1804.a sünnitusabi ja veterinaaria prof., 1820-1833 iseseisva sünnitusabi, naiste- ja lastehaiguste prof.
1808.a. asus sünnituskliinik Toome meditsiini kliinikus. 1840.-1842.a. ehitati ümber endine toomfoogti maja (1808) sünnitusabikliinikuks ja on seda pärast mitmeid ümberehitusi tänapäevani.
Sünnitusabikliiniku juhataja, prof. 1902-1918.a. Sergei Dmitrijevitsh Mihnov sai tuntuks originaalse sünnituse biomehhanismi teooriaga. Tema eestvõttel laiendati kliinikut, ehitati peale III korrus, seati sisse röntgenikabinet.
Silmahaigusi õpetati alul kirurgia kliinikus. A. 1836-41 tegutses Pirogovi juhtimisel Tartus silmahaiguste eraravila.
1867-68.a. ehitati prof. R.Buchheimilt ostetud maja ümber silmakliinikuks (arhitekt R.L.Guleke). Pärast juurdeehitusi ning 1938.a. põhjalikku rekonstrueerimist asub silmakliinik seal tänapäevani.
1926-1944 oli kõrva-nina-kurguhaiguste professoriks Ernst Saareste (eradotsent ja dotsent 1925-1933), kes emigreerus 1944.a.
Bernhard Körber oli XIX saj. II poole Baltimaade silmapaistvaim hügieenik, prof. Tartus 1879-1895.a. Uue anatoomikumi valmimisega sai hügieeni ja kohtumeditsiini instituut vabanenud ruumid vanas anatoomikumis, kus prof. Körber avas oma kulul 1888.a. hügieeni instituudi. Ta juhtis tähelepanu joogiveest põhjustatud nakkuste levikule ning võitles linna veevärgi rajamise eest. 1895.a. jagati ühine kateeder hügieeni ja kohtuarstiteaduse kateedriteks. 1920.a. sai hügieeni kateeder avarad ruumid praeguses Vanemuise tn. õppehoones. kus asus kuni 2000.a.
Farmaatsia instituut asus pikka aega üüritud eraruumides (Köhleri majas), 1870.a. saadi paremad ruumid vanas ülikoolihoones Rüütli tn./Raekoja platsi nurgal, kuhu jäädi kuni 1939.a., mil saadi uued ruumid valminud keemiahoones.1864-1894oli farmaatsiaprofessoriks Georg Dragendorff. See oli farmaatsia õitsengu aeg Tartus.
Bakterioloogia õpetamisega alustas Tartus prof. Richard Thoma 1890.a. Bakterioloogia õppetool loodi 1920.a., sellest kujunes mikrobioloogia kateeder, mida juhatas prof. Karl Schlossmann kuni 1944.a. 2000.a. asus õppetool Vanemuise tn. õppehoones.
Füsioloogiaprof. Aleksander Schmidt kirjeldas 1882.a oma esildises ülikooli valitsusele olukorda ja suurt ruumikitsikust vanas anatoomikumis ning asus energiliselt taotlema uue hoone ehitamist. Uus anatoomikum ehitatigi aastail 1886-1888.a. (arhitekt R.Guleke). Uued ruumid said endale füsioloogia ja patoloogilise anatoomia instituudid. Ka prof. Richard Thoma on rõhutanud oma osa uue hoone siseruumide planeerimisel ja ehituse järelvalves. Mõlemad instituudid asuvad nüüdsest Biomeedikumis.
Ühine patoloogilise anatoomia ja füsioloogia õppetool eraldus 1860.a. kaheks omaette üksuseks.
Ajalooliste füsioloogiariistade kogu muuseumis on põhjalikeim arstiteaduste osas. Seda tänu kateedrijuhataja 1944-1975, prof. Eliise Käer-Kingisepa hoolest ajaloolisi teadusriistu alal hoida ning hiljem dots. Peet-Henn Kingisepa hoolest nende üleandmisel ülikooli muuseumile.