Alpinaarium ehk mägitaimede osakond asub aia keskel endise linnamüüri Jüri bastioni kaitsevalli nõlvadel ja orus. Enamik siinseid taimi kasvab looduses mäestike metsavööndi ülaosas ja alpiinses vööndis. Sealsed kasvutingimused on kujundanud mägitaimede enamasti madala, sageli padjandilise kasvu, maadligi lehekodariku, väikesed, tihti karvased, nahkjad või lihakad lehed. Need omadused aitavad taimedel toime tulla tugeva tuule, päikesekiirguse ja järskude temperatuurimuutustega. Õied on sageli suured ja värvikad. Siin kasvavad näiteks mitmed kivirikud (Saxifraga), kellukad (Campanula), mägisibulad (Sempervivum). Palju on ka erinevaid liivatee (Thymus) liike ja sorte.  Oru lõunanõlv on ehitatud turbaaiaks, kus turbapätsidest ja kividest terrassidel kasvavad varjulembesed ja happelist mulda vajavad taimed.