Eesti taimede osakond asub süstemaatikaosakonna kõrval botaanikaaia läänepoolses küljes. Siin kasvab määrdunudsinakate õitega püsiksannikas (Swertia perennis), mis on haruldane kaitsealune taim. Kaitsealused on ka kõik Eestimaa käpalised (Orchidaceae). Kõige tuntum ja suurima õiega on kaunis kuldking (Cypripedium calceolus). Päikeselises esinurgas kasvavad kuiva- ja valguselembelised liigid, nagu paksuleheliste (Crassulaceae) sugukonda kuuluvad kukeharjad (Sedum) ning kaitsealune võsu-liivsibul (Jovibarba globifera).