2. novembril 2012. a. kell 14.15 kaitseb Viktoriya Shyp doktoritööd "G nucleotide regulation of translational GTPases and the stringent response factor RelA"
("Translatsiooniliste GTPaaside ja poomisvastuse faktori RelA reguleerimine G-nukleotiidide poolt"). Kaitsmine toimub Nooruse 1-121.
Juhendajad: prof. Tanel Tenson ja Vasili Hauryliuk (Tartu Ülikool)
Oponent: Michael Cashel, National Institute of Health, USA
Doktoritöö lühikokkuvõte:
G-nukleotiidide GTP, GDP ja alarmooni ppGpp kontsentratsioonid mõjutavad oluliselt translatsiooni bakterirakus. Käesoleva töö raames uurisin mehhanisme ppGpp sünteesiks, selle alarmooni märklaudu ning translatsioonis osalevate GTPaaside regulatsioonimehhanisme.
Stressitingimustes, eeskätt toitainete nappuse korral, tõuseb alarmooni ppGpp tase bakterirakus. Käesolevas töös näitasime, et ppGpp stimuleerib iseenda RelA valgu vahendatud sünteesi. Selline positiivse tagasisidestusega mehhanism tagab kiire stressivastuse.
Eelnevalt oli teada, et ppGpp inhibeerib mitmeid ribosoom-seoselisi trans¬latsiooni¬¬¬¬faktoreid. Samas ei olnud teada, milline neist võiks olla selle alarmooni peamine märklaud. Käesoleva too käigus tegime kindlaks, et initsiatsioonifaktor kaks (IF2) seondab seda alarmooni oluliselt tugevamini kui teised trans¬latsioonifaktorid. Seega võiks olla tegemist ppGpp põhilise märk¬lauaga.
IF2 on üks translatsiooni masinavärgi põhikomponente. Eelpool märkisin ära, et stressitingimustes võib selle valguga võib seonduda ppGpp. Tavaolekus toimuva translatsiooni käigus seondub IF2 initsiaator tRNA, GTP/GDP ja ribosoomiga. Käesoleva töö käigus tegime kindlaks, et G-nukleotiidide ja initsiaator-tRNA seondumine on üksteisest sõltumatud sündmused. Samas näitasime, et G-nukleotiidid mõjutavad IF2e ja elongatsioonifaktor G (EF-G) seondumist ribosoomile. Täheldasime, et oma märklauaks oleva ribosomaalse RNA fragmendiga seonduvad need valgud eelistatud GTP vormis