TÜ geeniteadlased sisustavad uue labori tehnika viimase sõnaga
Tartu Ülikooli jõudis USA-st kohale tuliuus geeni sekveneerimisplatvorm Illumina HiSeq 2000, mis võimaldab järjestada ühe inimese kogugenoomi kõigest nädalaga. Tegemist on geenitehnoloogia viimase sõnaga.
TÜ teadusprorektori Kristjan Halleri sõnul on Tartu Ülikool viimastel aastatel oluliselt panustanud genoomika valdkonna arengusse. "Väga tulemuslik on olnud Eesti Geenivaramu liitmine ülikooli koosseisu, koos oleme oluliselt täiendanud valdkonna aparatuurset infrastruktuuri, viies selle maailma tippu," ütles Haller.
TÜ Eesti Geenivaramu laborijuhataja Kaarel Krjut¨kov lisas, et esmaspäeval saabuval teise põlvkonna sekvenaatoril on mitmeid erinevaid rakendusi. "Peale DNA täieliku järjestuse määramise saab uurida ka RNAd ning analüüsida kõiki organisme, olgu selleks siis bakter, viirus, riisitera või elevant," selgitas ta.
TÜ Eesti Geenivaramu projektijuhi Merike Leego sõnul on hetkel TÜ Geenivaramu tuumiklaboris olemas Illumina platvorm iScan, mis võimaldab uurida vaid umbes 1 miljonit olulisemat punkti DNA-s, uus masin seevastu võimaldab saada info inimese DNA kohta täies pikkuses algusest lõpuni ehk kõik 3 miljardit nukleotiidi ja seda ühe nädalaga. Võrdluseks võib tuua esimese inimese kogu DNA järjestuse määramise, mis võttis aega 13 aastat ja maksis 2,7 miljardit USD," lisas Leego.
Ka TÜ Eesti Geenivaramu direktor professor Andres Metspalu rõõmustab tipptehnoloogilise töövahendi üle. "Antud projekti raames on kavas osaleda ka Illumina kvaliteedikontrolli programmis ja saada Illumina sertifitseeritud teenusepakkuja staatus. Hetkel on sekveneerimise sertifikaat ette näidata vaid 17 laboril üle maailma, neist vaid 6 on Euroopas," ütles Metspalu.
Kõnesolevate aparaatide ostu kogusummas 20,2 miljonit krooni rahastatakse suuresti Euroopa Regionaalarengu Fondist. Lisaks Illumina HiSeq 2000 platvormile soetatakse veel suured andmete hoidmise serverid, analüüsi server ja vastav tarkvara, mis aitab tekkivatest hiiglaslikest andmemassiividest seoseid leida ning neid arusaadavalt esitada.Uutele masinatele on juurdepääs kõigil töögruppidel nii Eestis kui väljaspool Eestit.
Põhilise kasu uuest masinast saavad eelkõige teadlased, kes hetkel veel otsivad seoseid DNA variatsioonide ja konkreetsete haiguste ning teiste tunnuste vahel. Siiski jõuavad teadlased iga aastaga järjest lähemale ka tavainimese aitamisele. Tänaseks on jõutud juba sinnamaale, et esimesed personaalsed ravimid on turul. Teades patsiendi DNA järjestust, on võimalik pakkuda talle paremaid diagnostikavõimalusi ja efektiivsemat ravi.
TÜ Eesti Geenivaramus on hetkel ligi 48 000 geeniproovi ning võimalus geenipangaga liituda on veel vaid selle aasta lõpuni, mil täitub 50 000 geenidoonorit.
Uus aparatuur pakitakse lahtiTÜ Eesti Geenivaramu laboris(Riia 23, ruum 208) esmaspäeval, 20. septembril kell 12.
Mõisted:
Genoom – ühe indiviidi kogu pärilikkuse aine e. DNA. Igas rakus on täiskomplekt pärilikkuse ainet.
Geen – DNA lõik, mis määrab ära 1 valgu järjestuse. Inimese DNAs on ligikaudu 20 000 geeni.
Genoomi sekveneerimine - genoomi nukleotiidse järjestuse määramine.
Genoomi genotüpiseerimine - järjestuse määramine üksikutes genoomi kohtades.
Inimeste genotüpiseerimise käigus koostatakse inimese geenikaart.
Geenikaart kirjeldab neid kohti genoomis, mis on kõige varieeruvamad ja potentsiaalselt huvi pakkuvamad varieeruvuse uurimiseks.
Nukleotiid – DNA koostisosad, mida tähistatakse tähtedega A, T, G ja C
Lisaselgitus:
Kahe inimese vaheline DNA on ligikaudu 99,9% identne. Geenikaart iseloomustab seda 0,1%, mis on erinev. Genoomi sekveneerimine aga annab info kogu DNA järjestuse kohta, tuues välja ka haruldased muutused.
Lisainfo:
Merike Leego, TÜ Eesti Geenivaramu projektijuht, tel 7375030, mob 5281488, merike [dot] leego [ät] ut [dot] ee
Annely Allik, TÜ Eesti Geenivaramu teabejuht, mob 50 299 70, annely [dot] allik [ät] geenivaramu [dot] ee
Anneli Miljan
Tartu Ülikooli pressiesindaja
tel +372 737 5683
mob +372 515 0184
e-post anneli [dot] miljan [ät] ut [dot] ee
www.ut.ee