Neljapäeval, 23. augustil 2012. aastal kell 10 kaitseb Triinu Kõressaar Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia Instituudis (Riia 23-217) doktoritööd "Improvement of PCR primer design for detection of prokaryotic species" ("PCRi praimeridisaini parendamine prokarüootsete liikide detekteerimisel") bioinformaatika erialal.
Juhendaja: TÜ MRI professor Maido Remm.
Oponent: vanemteadur Martine Petronella Bos, Meditsiinilise mikrobioloogia ja infetsiooni kontrolli osakond, Amsterdami Vaba Ülikooli Meditsiinikeskus, Amsterdam, Hollandi Kuningriik.
Polümeraasi ahelreaktsioon ehk PCR on molekulaarbioloogia meetod, mis võimaldab paljundada spetsiifilist DNA lõiku. Protsess toimub tsükliliselt ja kätkeb endas järgmisi etappe: kaheahelalise DNA järjestuse (sihtmärkjärjestuse) sulatamist kõrgel temperatuuril, kahe spetsiifilise DNA järjestuse (PCRi praimeri) seondumist sihtmärkjärjestusele konkreetsest PCRi katsest sõltuval madalamal temperatuuril (ehk praimerite sulamistemperatuuril Tm) ning seondunud praimerite pikendamist vastavalt spetsiifilisele DNA lõigu järjestusele kindla valgulise ensüümi abil. Paljundatud DNA-d detekteeritakse, kas spetsiifiliselt geelil pikkuse järgi või reaalajas produkti paljundamise käigus tekkiva signaali abil. PCR võimaldab sel viisil tuvastada suvalisest DNA proovist (kliiniline-, veterinaar-, toidu-, keskkonnaproov jne) vaid kindlale liigile iseäralikku DNA järjestust ning seetõttu on tehnoloogia leidnud rakendust erinevates valdkondades erinevate liikide või tüvede tuvastamiseks.
Üks olulisemaid eeldusi edukaks PCRi teostamiseks on täpsete ja tundlikke praimerite disainimine (PCRi praimeridisain). PCRi praimeridisain sisaldab endas erinevaid etappe muuhulgas sihtmärkjärjestuse välja valimist (nt kindla järjestuse valimist bakterigenoomist) ning PCRi praimerijärjestuste disaini.
Käesolev töö ongi keskendunud PCRi praimeridisaini erinevate etappide parendamisele: laialdaselt kasutusel oleva PCRi praimeridisaini programmi Primer3-e poolt kasutatava praimerite sulamistemperatuuri Tm arvutamise valemi täiustamisele ning sellele, kuidas prokarüootseid liigispetsiifilisi kordusjärjestusi PCRi sihtmärkjärjestustena kasutada ning, millise effekti see PCRi tulemustele annab. Viimase osana sisaldab töö prokarüootsete liigispetsiifiliste kordusjärjestuste iseloomustamist 613 erinevas prokarüootses liigis.
Antud töö tulemused aitavad kaasa uute ja paremate molekulaardiagnostika testide loomisele esiteks lihtsustades nende väljatöötamist tänu antud töös leitud ja kirjeldatud PCRi sihtmärkjärjestustele, teiseks tõstes nende töökindlust, kuna liigispetsiifilistele kordusjärjestustele disainitud praimerid on kõrgendatud tundlikkusega ning, kuna parendatud praimeridisaini-programm Primer3 võimaldab disainida praimereid, mis vastavad täpsemalt etteantud molekulaardiagnostika testide tingimustele .